北交所上市公司股票采用竞价交易，这构成了市场日常交易的主体。为满足不同规模的交易需求，北交所还提供大宗交易渠道。因收购或引进战略投资者等特定需求，股票还可以通过协议转让方式进行交易，但这些更多属于特定情况下的安排，普通投资者日常参与的主要是竞价交易这一通道。
在竞价交易的框架下，北交所对股票价格波动实行了较为独特的涨跌幅限制。除上市首日等特殊情况外，通常的涨跌幅限制比例设定为前一个交易日收盘价的百分之三十，这一幅度显著高于沪深主板市场，为创新型中小企业提供更为充分的定价空间。交易时间则与沪深两市保持一致。
除了基础的竞价交易，引入做市商制度是北交所提升市场流动性的关键举措。做市交易是指符合条件的券商作为做市商，在交易中持续提供双向报价，为市场注入流动性。这种机制有助于缩小买卖价差，降低普通投资者的交易成本，并能通过增加市场订单深度来提升市场稳定性，是成熟证券市场常见的做法。目前已有众多券商获得北交所做市商资格并展业，不同做市商因风格和策略不同，其做市股票数量和服务特点也存在差异。
对于大宗交易，北交所设定了明确的申报门槛，通常单笔申报数量不低于十万股，或者交易金额不低于一百万元人民币，以满足机构投资者等大额股份转让的需求。这为市场提供了灵活性，避免大额交易对集中竞价市场的价格造成剧烈冲击。投资者需要根据自身的交易规模和需求，选择合适的交易方式。
