主流纯正比特币ETF底层持仓币种仅有比特币（BTC），部分复合型比特币相关ETF会搭配以太坊（ETH），少数策略型产品还会纳入主流大盘加密资产，杠杆类比特币ETF无实际币种持仓，仅通过衍生品跟踪BTC价格波动。目前全球合规市场里，纯现货比特币ETF是绝对主流，贝莱德IBIT、富达FBTC、灰度GBTC等头部产品底层资产100%配置比特币，仅预留极少量现金用于日常运营清算，不会混入其他加密币种，这也是这类产品被机构投资者广泛认可的核心原因，基金管理人会每日公开比特币持仓数量，持仓透明度远高于普通加密基金。
比特币ETF可以分为单币种现货型、双币种混合型、期货衍生品型、指数宽基型四大类，不同类型对应的持仓币种差异十分明显。单币种现货比特币ETF是市场规模最大的品类，持仓币种只有BTC，像Bitwise的BITB、方舟投资的ARKB、景顺的BTCO等产品，底层全部实物托管比特币，托管机构多为Coinbase、Gemini等合规加密托管平台，不会配置以太坊、Solana等其他公链代币，产品净值完全跟随比特币现货价格变动，适合长期配置比特币的普通投资者。期货类比特币ETF比如ProShares的BITO、BITU，本身并不持有任何加密币种，仅通过芝商所的比特币期货合约、掉期产品追踪BTC价格，合约展期成本会导致长期收益和现货价格出现偏差，这类产品更多被短线交易者用来做波段操作，不存在实际加密资产持仓。
双币种比特币相关ETF是衍生品类，持仓以比特币和以太坊两大头部币种为主，部分产品采用等权重分配，部分按照市值权重配比，比如ProShares的BETE采用比特币与以太坊等权持仓，CoinShares的BTF则根据两大币种市值动态调整持仓比例，这类产品不属于严格意义上的纯比特币ETF，而是BTC+ETH的双资产配置基金，风险收益特征和单币种BTCETF有明显区别。还有一部分宽基加密指数ETF，底层除了比特币之外，还会纳入以太坊、币安币、卡尔达诺等市值前十的加密币种，比特币在其中占据核心权重，这类产品本质是加密市场大盘基金，比特币只是核心成分之一，不能等同于专门的比特币ETF，很多投资者容易把这类宽基产品和纯比特币ETF混淆，在选择时需要仔细核对基金持仓公告。
策略型比特币ETF的币种配置会更加灵活，部分对冲型产品会搭配比特币与黄金、国债等传统资产，还有部分收益增强型ETF会在持有比特币的基础上，叠加少量衍生品策略提升收益，但核心底层依然以比特币为核心标的，其他资产仅作为对冲或增强工具，不会改变比特币的核心持仓地位。灰度的GBTC作为老牌比特币信托，转型为现货ETF后持仓同样全部为比特币，早期存在的溢价问题随着现货ETF大量上市已经逐步收敛，目前持仓结构和其他头部现货BTCETF基本保持一致。目前全球合规监管框架下，没有比特币ETF会配置山寨币、小币种，监管层面严格限制底层资产范围，只有比特币、以太坊这类头部加密资产能够进入合规ETF的持仓清单，小众币种暂时无法通过ETF形式面向普通投资者开放。
对于普通投资者来说，区分比特币ETF的持仓币种十分关键，纯BTCETF波动完全绑定比特币行情，适合坚定看好比特币长期价值的人群；双币种ETF同时承受比特币和以太坊的价格波动，分散性更强但也会分摊BTC的上涨收益；期货ETF不持有实际币种，长期持有容易产生损耗，更适合短期交易。
